Introduction — La réforme de la facturation électronique, et plus spécifiquement la facturation électronique secteur santé, touche l’ensemble des entreprises françaises, mais elle soulève des questions très particulières dans le secteur de la santé. Entre actes exonérés de TVA, feuilles de soins dématérialisées via SESAM-Vitale et activités hors nomenclature, les professionnels de santé libéraux et les structures médico-sociales doivent composer avec un cadre réglementaire qui ne s’applique pas tout à fait comme dans les autres secteurs. Cet article fait le point sur les obligations réelles, les échéances et les étapes concrètes pour se mettre en conformité avant septembre 2026.
Facturation électronique secteur santé et professions libérales : spécificités et calendrier
Temps de lecture : ~8 min
- Qui est réellement concerné par la facturation électronique dans le secteur de la santé
- Les dates clés de la réforme pour les professionnels de santé
- Réception et émission de factures électroniques dans le domaine médical
- Ce qui ne change pas pour les actes de soins aux patients
- Le cas particulier des actes hors nomenclature et des activités mixtes
- Comment préparer sa conformité dès maintenant
- Le rôle de la plateforme de dématérialisation et le choix d’un partenaire
- FAQ
- Anticiper plutôt que subir la transition numérique
Qui est réellement concerné par la facturation électronique dans le secteur de la santé
La réforme de la facturation électronique, portée par la loi de finances 2024 et pilotée par la DGFiP et l’AIFE, concerne tous les assujettis à la TVA établis en France. Cela inclut les professionnels de santé libéraux, même lorsqu’ils réalisent exclusivement des actes exonérés de TVA. Le statut d’assujetti ne dépend pas du fait d’être redevable de la taxe, mais de l’exercice d’une activité économique indépendante.
Les professionnels de santé concernés par la réforme
Concrètement, sont concernés les médecins généralistes et spécialistes, les chirurgiens-dentistes, les kinésithérapeutes, les infirmiers libéraux, les orthophonistes, les sages-femmes, les pharmaciens, les biologistes, ainsi que les structures telles que les cliniques privées, les laboratoires d’analyses et les établissements médico-sociaux. Peu importe la forme juridique (exercice en nom propre, micro-BNC, SEL, SELARL ou SCP), l’obligation s’applique dès lors que le professionnel est établi en France et exerce une activité économique.
Exonération de TVA et obligation de réception
Un point essentiel à retenir : l’exonération de TVA sur les actes de soins ne dispense pas de l’obligation de réception des factures électroniques. Cette nuance est souvent source de confusion, et elle mérite d’être clarifiée dès maintenant auprès de chaque praticien.
Les dates clés de la réforme pour les professionnels de santé
Un calendrier en deux grandes phases
Le calendrier de la réforme s’articule en deux grandes phases, selon la taille de l’entreprise et la nature de l’obligation.
| Obligation | Date d’entrée en vigueur | Qui est concerné |
|---|---|---|
| Réception de factures électroniques | 1er septembre 2026 | Tous les assujettis, quelle que soit leur taille |
| Émission de factures électroniques et e-reporting | 1er septembre 2026 | Grandes entreprises et ETI |
| Émission de factures électroniques et e-reporting | 1er septembre 2027 | PME, TPE, micro-entreprises |
Impact du calendrier sur les professionnels de santé
Pour la majorité des professionnels de santé libéraux (exerçant seuls ou en petite structure), l’obligation d’émission interviendra donc au 1er septembre 2027. En revanche, dès septembre 2026, ils devront être en mesure de recevoir les factures électroniques émises par leurs fournisseurs (matériel médical, fournitures, prestataires informatiques, loyers professionnels, etc.).
Les structures de taille intermédiaire ou les groupements importants du médico-social peuvent être soumis plus tôt à l’émission et au e-reporting, en fonction de leur classification selon les critères de la DGFiP.
Réception et émission de factures électroniques dans le domaine médical
La réception des factures fournisseurs
La distinction entre réception et émission est fondamentale pour comprendre ce qui change réellement dans le quotidien d’un cabinet médical ou d’une structure de santé. La réception concerne toutes les factures que le professionnel de santé reçoit de ses fournisseurs dans le cadre de son activité. Achats de matériel, abonnements logiciels, honoraires de sous-traitants, loyers, maintenance d’équipements : toutes ces factures devront transiter par une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) ou par le portail public de facturation. Le professionnel devra donc disposer d’un outil capable de réceptionner et de traiter ces flux au format structuré.
L’émission de factures électroniques en B2B
L’émission concerne les factures que le professionnel adresse à d’autres entreprises assujetties (opérations B2B). Pour un médecin libéral dont la quasi-totalité de l’activité consiste en des consultations de patients (opérations B2C), l’émission de factures électroniques au sens de la réforme reste marginale. En revanche, un laboratoire qui facture des analyses à une clinique, ou un kinésithérapeute qui facture des prestations à une entreprise dans le cadre de la médecine du travail, sera pleinement concerné par l’émission.
Ce qui ne change pas pour les actes de soins aux patients
Il est important de rassurer les professionnels de santé sur un point : la relation directe avec le patient n’est pas modifiée par cette réforme. Les feuilles de soins électroniques, la télétransmission via SESAM-Vitale et les échanges avec l’Assurance maladie continuent de fonctionner selon les circuits existants. Ces flux B2C ne relèvent pas du périmètre de la facturation électronique 2026.
Les actes de soins remboursés par la Sécurité sociale, qu’ils soient réalisés en cabinet, à domicile ou en téléconsultation, restent en dehors du dispositif e-invoicing. Le patient ne recevra pas de facture électronique au sens de la réforme. En revanche, le professionnel pourra être soumis à une obligation de e-reporting pour certaines opérations B2C non couvertes par la nomenclature, comme les actes esthétiques non remboursés ou les prestations de bien-être.
Le cas particulier des actes hors nomenclature et des activités mixtes
C’est ici que la situation se complexifie. De nombreux professionnels de santé exercent une activité mixte, combinant des actes exonérés de TVA (soins remboursés) et des prestations taxables (formations, expertises judiciaires, conseil, activités hors nomenclature, vente de produits).
Pour ces activités taxables réalisées entre professionnels (B2B), l’émission de factures électroniques sera obligatoire selon le calendrier applicable à la taille de la structure. Pour les activités taxables réalisées auprès de particuliers (B2C), c’est le e-reporting qui s’appliquera : le professionnel devra transmettre les données de transaction à l’administration fiscale via sa plateforme.
Un chirurgien-dentiste qui vend des produits d’hygiène bucco-dentaire en cabinet, un médecin qui réalise des expertises pour le compte d’assureurs, ou un kinésithérapeute qui propose des séances de coaching sportif non remboursées devront identifier précisément ces flux et les traiter conformément à la réforme. Cette cartographie des activités est une étape préalable indispensable à toute mise en conformité.
Comment préparer sa conformité dès maintenant
La préparation ne se limite pas au choix d’un logiciel. Elle implique une démarche structurée qui touche à la fois l’organisation administrative, les outils numériques et la relation avec l’expert-comptable.
Étapes clés de la mise en conformité
Cartographier ses flux de facturation : distinguer les actes exonérés, les actes hors nomenclature, les achats fournisseurs et les éventuelles opérations B2B taxables. Cette étape permet de déterminer précisément le périmètre d’obligation (réception seule, émission, e-reporting).
Vérifier la compatibilité de son logiciel métier : les logiciels de gestion de cabinet médical ne sont pas tous prêts pour la réforme. Il faut s’assurer que l’outil utilisé peut se connecter à une plateforme de dématérialisation partenaire ou au portail public de facturation. Si ce n’est pas le cas, il peut être pertinent d’adopter un outil de pré-comptabilité et de facturation comme Pennylane, capable de gérer l’ensemble des flux entrants et sortants dans un environnement conforme.
Anticiper les enjeux RGPD : dans le secteur de la santé, les données transitant dans les factures peuvent inclure des informations sensibles. Il convient de s’assurer que la plateforme choisie respecte les exigences du règlement général sur la protection des données, notamment en matière d’hébergement et de traitement des données de santé.
Se faire accompagner par un expert de la facturation électronique
Pour les professionnels qui souhaitent un accompagnement structuré, un Consultant Intégrateur accrédité Pennylane (disposant de la Certification Interface Comptabilité et de la Certification RFE) peut réaliser la mise en conformité en moins de deux heures, en s’appuyant sur un diagnostic précis des flux existants. Notre pôle Système d’Information accompagne les professionnels de santé et les professions libérales dans cette transition.
Le rôle de la plateforme de dématérialisation et le choix d’un partenaire
Le choix de la plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) est un élément central de la mise en conformité. C’est par cette plateforme que transiteront les factures électroniques, aussi bien en réception qu’en émission. Pour les professionnels de santé, le critère de sélection doit intégrer la capacité de la plateforme à gérer des flux mixtes (exonérés et taxables), à s’interfacer avec les logiciels métier existants et à garantir la conformité RGPD.
L’accompagnement par un intégrateur spécialisé permet de sécuriser cette étape. Chez NECC, notre approche consiste à auditer les flux existants, à identifier les cas d’usage spécifiques à chaque profession, puis à configurer l’outil retenu pour que la transition soit transparente. Vous pouvez consulter notre guide complet sur la réforme de la facturation électronique pour approfondir les aspects techniques du e-invoicing et du e-reporting.
FAQ
La facturation électronique est-elle obligatoire pour un médecin libéral exonéré de TVA ?
Oui. L’obligation de réception des factures électroniques s’applique à tous les assujettis à la TVA, y compris ceux qui bénéficient d’une exonération sur leurs actes de soins. Dès le 1er septembre 2026, un médecin libéral devra être en mesure de recevoir les factures de ses fournisseurs au format électronique structuré. L’émission, en revanche, ne concernera que les opérations taxables B2B, avec une échéance fixée au 1er septembre 2027 pour les petites structures.
Les feuilles de soins et la télétransmission SESAM-Vitale sont-elles impactées ?
Non. Les feuilles de soins électroniques et la télétransmission vers l’Assurance maladie ne sont pas concernées par la réforme de la facturation électronique. Ces flux relèvent d’un circuit distinct, géré par les organismes d’assurance maladie. La relation de facturation avec le patient (B2C pour les actes remboursés) reste en dehors du périmètre du e-invoicing.
Faut-il changer de logiciel de gestion de cabinet pour se conformer à la réforme ?
Pas nécessairement, mais il faut vérifier que votre logiciel actuel est compatible avec une plateforme de dématérialisation partenaire. Si votre outil ne permet pas de recevoir ou d’émettre des factures au format structuré, il sera nécessaire soit de le mettre à jour, soit d’adopter une solution complémentaire. Un Consultant Intégrateur accrédité peut vous aider à évaluer la situation et à choisir la meilleure option en fonction de votre activité.
Un professionnel de santé qui réalise des actes hors nomenclature doit-il faire du e-reporting ?
Oui, si ces actes sont des opérations taxables réalisées auprès de particuliers (B2C). Le e-reporting consiste à transmettre les données de ces transactions à l’administration fiscale. Les actes hors nomenclature soumis à TVA et facturés à des entreprises (B2B) relèvent quant à eux de l’émission de factures électroniques classique.
Anticiper plutôt que subir la transition numérique
La facturation électronique dans le secteur de la santé ne bouleverse pas la pratique médicale elle-même, mais elle impose une mise à niveau administrative et numérique que chaque professionnel doit planifier sans attendre. L’échéance de septembre 2026 pour la réception est proche, et les structures qui n’auront pas anticipé risquent de se retrouver dans l’incapacité de traiter les factures de leurs fournisseurs. Pour les professions libérales de santé, l’enjeu est aussi de bien identifier les flux concernés et de choisir un accompagnement adapté à leurs spécificités réglementaires.
Notre équipe chez NECC est à votre disposition pour un diagnostic personnalisé et une mise en conformité rapide, en tant que Consultant Intégrateur accrédité Pennylane. Prendre rendez-vous pour un échange.
